学歴面でコンプレックスを持つ男性も探せばいなくもないですが、かなり少数派で誤差のレベルですし、それも東大レベルとかの話ですね
　
普通に載せていいと思いますし、気になって仕方ないなら消してもいいと思います
あえて書かなくても、女性で半分くらい項目埋まってない人はいくらでもいるので気にしません

敬遠されるのかどうかはよくわかりませんが、そんなことで敬遠するような方とはいっそマッチしない方がいいという説もあります！立派なことなので自信持ってください！

大学院卒の女性と付き合っていますが、結論から言うと空欄にする必要は無いです。
あなたが出身大学や大学院のブランドにコンプレックスを持っているなどの理由がなければ、堂々としていればいいんじゃないでしょうか。
学歴でフィルタする人間なんて所詮その程度かと。友達に高卒中卒が居たとして何も思わないですよね。

大学院を修了するのは凄いことですよ。あなたの価値に見合う男性とマッチングすることを願っています。